Les accords passés au milieu du 19e siècle entre le Japon et la Russie qui cherchait à évincer les grandes puissances occidentales ont ouvert la voie à l'activité missionnaire de l'Eglise orthodoxe. Une première église est construite à Hakodate en 1859, à la suite de la création du consulat russe. Plusieurs autres ont suivi, notamment la cathédrale de la Résurrection à Tokyo, construite entre 1884 et 1891 par l'architecte Michail A. Scurupov. En 1917, le nombre des lieux de culte orthodoxes s'élève à deux cents; ils sont les témoins de la politique du pouvoir tsariste et de l'expansion de la mission qui cherchait à concurrencer les autres confessions chrétiennes
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